Keskaegse Tallinna all-linn jagunes Niguliste ja Oleviste koguduseks. Püha Vaimu kirik seevastu oli seegikirik, moodustades ühe osa seegikompleksist. Püha Vaimu preestri kohustuste hulka kuulus sakramentide jagamine seegihaigetele ja -vaestele ning teistele seegielanikele, kelle hulgas oli ka pensionipõlve pidavaid vaimulikke. Püha Vaimu kirikul oli veel teinegi funktsioon: seal pidas aeg-ajalt oma istungeid Tallinna raad. Seetõttu on pühakoda mõnikord nimetatud ka rae kabeliks. On tõenäoline, et just raad tellis 1480. aastate alguses peaaltari jaoks Lübeckist uue retaabli. Retaablit, mis valmis pealiskirja kohaselt 1483. aastal, kaunistavad Tallinna linna vapid.

Säilinud on ka Bernt Notke kiri Tallinna raele 1484. aastast, kus meister tuletab raehärradele meelde, et tal on ühe „tahvli“ (st retaabli) valmistamise eest veel raha saada. Kirjas on tellijatena nimetatud bürgermeister Diderick Hagenbeket ja tema kaaslast, s.t. Püha Vaimu kiriku eestseisjaid.